La Variante Sur es el proyecto acometido por la entidad BILBAO RIA 2000, para reordenar el sistema ferroviario que discurría por el centro de Bilbao. El propósito era liberar de vías férreas estos barrios, y aprovechar esos antiguos trazados para hacer paseos y zonas verdes, y al mismo tiempo, integrar el servicio ferroviario a los demás servicios de Renfe, FEVE y Metro.

En la segunda fase de este Proyecto, se creaba la Línea Sur de Cercanías de Renfe, conectando la margen izquierda de la ría, con el centro de Bilbao. Se creaban 4 nuevas estaciones, y se remodelaban otras dos.

José A. Torroja desarrolló los cálculos estructurales y modificaciones respecto al proyecto original, del tramo entre los pk 2+044y 2+333, situados entre las calles Autonomía y Sabino Arana, alrededor de la nueva estación de Autonomía.

Los tramos soterrados, se agrupan según distintos módulos, siendo en general las secciones tipo de la estructura, marcos unicelulares o pórticos con apuntalamiento en solera, de hormigón armado. La cimentación está compuesta de pilotes bajo muro, de Ø 0,85 m. La cubierta está formada por vigas abanicadas prefabricadas. Forjado, solera, muros y encepados son de hormigón “in situ”.

El módulo de soterramiento correspondiente a la Estación de Autonomía es un marco tricelular, de longitud 34,50 m y anchura variable entre 17,3 y 21 m. En su mitad izquierda se sitúa la Estación. Los muros laterales e interiores son de hormigón armado, y están cimentados también en hileras de pilotes. La cubierta es una losa de hormigón armado. Las obras de arquitectura que definen el edificio de la Estación sobre el soterramiento, así como los acabados e instalaciones son diseñadas por el Estudio de Arquitectura Aurtenechea.